El norte central y el extremo noroeste de Tlaxcala fueron los últimos sitios ocupados por grupos humanos sedentarios. Ello ocurrió por el año 100 a.c., cuando núcleos humanos procedentes del Golfo Central o de Cantona, situado en la cuenca de Puebla, se establecen en las regiones citadas. Los nuevos pobladores fundaron 25 asentamientos, correspondiendo 7 a la región de Tlaxco y 18 a la de Calpulalpan, más una pequeña porción del estado de Hidalgo.
Es probable que alguna villa o aldea de los 25 asentamientos se haya situado en terrenos del actual municipio de Atlangatepec, pues de otra manera no se explicaría que entre los años 100 y 650 d.c., se desarrollaran los pueblos de Los Cerritos y Los Coecillos, como parte del corredor comercial teotihuacano que estableció la metrópoli en terrenos de Tlaxcala.
La producción en cerámica teotihuacana de Atlangatepec, consistió básicamente en: cajetes con paredes y bases convexas; cajetes y platos de base plana y paredes convexas; tecomates; ollas, floreros, así como vajilla miniatura. La técnica usada para la decoración fue a base de excavaciones o de pintura, representando elementos geométricos y ciertos rasgos simbólicos.
La gran experiencia comercial de Los Cerritos y Los Coecillos sería reivindicada siglos más tarde, por la cabecera municipal, convirtiendo a Atlangatepec en un emporio comercial durante la Colonia, para decaer nuevamente en los años postreros de la Reforma, cuando el trazo y construcción de la vía del ferrocarril la dejan al margen, propiciando su ruina.
No se sabe que sucedió con los asentamientos de Los Cerritos y de Los Coesillos. Es probable que al cerrarse el corredor teotihuacano hubiesen quedado aislados, incorporándose al complejo Acopinalco. Los inmigrantes otomíes fundan los señoríos de Atlangatepec, Tliliohquitepec, Hueyotlipan y Tecoac. El códice de Huamantla, documento fundamental para comprender la inmigración de los otomíes a Tlaxcala, situó el asentamiento de Atlangatepec donde actualmente se localiza el pueblo del mismo nombre. Lo que indica que esta población prehispánica ha permanecido en el mismo lugar, desde su fundación hasta nuestros días.
Los investigadores del Instituto Nacional de Antropología e Historia que han explorado el área, señalan que en Atlangatepec como en otros pueblos de la zona norte de Tlaxcala, se desarrolló la cultura Tlaxco. La cultura Tlaxco asentada en Atlangatepec, como otros señoríos de ascendencia otomí, acusa una fuerte influencia mixteca, pues según la tradición, el origen de ésta etnia se encontraba en una cueva ubicada en lo que hoy es el estado de Hidalgo. En algunas obras de los cronistas, se cita a Atlangatepec como señorío independiente de México-Tenochtitlán, pero que mantiene buenas relaciones con los señoríos de la República de Tlaxcala.
A la llegada de los españoles, Atlangatepec parece ser un señorío con cierto grado de independencia de los señoríos tlaxcaltecas. Es muy probable que también sirviera como puesto fronterizo, pues en sus inmediaciones se llevaban a cabo combates entre la Triple Alianza del Valle de México y los señoríos de Tlaxcala, Huejotzingo y Cholula, además de Tliliuhquitepec, un señorío otomí ya desaparecido, cuyos guerreros por su destreza y valentía eran apreciados para los sacrificios en el templo mayor de Tenochtitlán.
Como dato interesante para el señorío de Texcoco y desde luego para Atlangatepec, las crónicas recuerdan que esta última dio asilo al niño que años más tarde se convertiría en señor de Texcoco, Netzahualcoyotl, uno de los poetas más recordados de la antigüedad mexicana. La vieja laguna de Atlangatepec y los vigilantes cerros de Tezoyo y Tliltepec, fueron el escenario que daría fuerza e inspiración a tan destacado personaje, para legar una obra de gran sensibilidad y belleza.
La colonia. A fines del siglo XVII y principios del XVIII, Atlangatepec despegó como una comunidad agrícola y ganadera que auguraba una prosperidad sostenida. Las viejas estancias ganaderas se fueron convirtiendo en pujantes haciendas como las de San José Atlanga, San Pedro Ecatepec, Santa Clara Ozumba y San Antonio Tepetzala.
Siglo XIX
La Independencia. Las haciendas pulqueras sufrieron las consecuencias de la guerra de Independencia, cuando apareció en escena el realista Coronel de la Concha quién, en el año de 1816, fue nombrado por el virrey comandante de las fuerzas especiales para combatir a Osorno. La primera medida que dictó este atribulado jefe realista, fue prohibir la producción del pulque, con objeto de cortar de tajo la entrada de dinero que los insurgentes percibían por concepto de alcabalas por el tráfico de la bebida. Osorno reaccionó dedicándose a incendiar pueblos y derribar iglesias y cuanto parapeto sirviera para defensa de los realistas. Las haciendas de Atlangatepec, si bien no todas eran pulqueras, si resintieron la disposición que los privó de una importante fuente de ingresos.
No obstante que los métodos de producción no se modificaron, y que el cambio no liberó a gañanes, tlaquehuales y terrazgueros, si se inició un proceso de especialización de las haciendas, en función de los recursos que el medio les dotaba. De esa manera, las haciendas pulqueras, las cerealeras y las ganaderas fueron diferenciándose entre sí. Atlangatepec, conjuntamente con Tlaxco, Hueyotlipan, Ixtacuixtla, Españita, Sanctórum, Nanacamilpa y Calpulalpan, se dedicaron a cultivar el maguey, siendo sus haciendas fundamentalmente pulqueras, aunque, en los mismos municipios de Atlangatepec, Tlaxco, Tetla y Terrenate, se alentó la especialización ganadera mediante la producción de toros de lidia.
En las postrimerías del siglo XIX, Atlangatepec vuelve a la condición de municipio, esperando el siglo XX con expectativas promisorias.
Durante el porfiriato la producción pulquera de Atlangatepec resulta favorecida con la construcción del ramal ferroviario de Tlaxco a Apizaco. Mediante esa vía, se propicia una apertura comercial a la producción de las magueyeras cultivadas en sus haciendas, de tal modo que pueden concurrir al mercado de la ciudad de México. Es una época de bonanza para los hacendados de la región, que fincan el proceso de acumulación del capital en la explotación de los peones y magueyes, así como en la moderna tecnología aplicada. Los toros de lidia son otra fuente de altos ingresos en la hacienda de Atlanga entre otras, cuyos pastizales resultan adecuados para este tipo de ganado.
Durante este largo período de la historia de México, Atlangatepec como otras poblaciones mexicanas, organizaban clubes reeleccionistas que permitieron la estancia prolongada del general Porfirio Díaz en la presidencia de la República y de don Próspero Cahuantzi en la gubernatura de Tlaxcala. Aún no se ha encontrado información que evidencie la participación de Atlangatepec en la lucha que escenificaron los pueblos del centro y del sur de Tlaxcala, contra el incremento del impuesto predial a principios del siglo XX, ni respecto a la formación de clubes antirreleccionistas.
La Revolución Mexicana. Los peones de las haciendas de Altangatepec en un buen porcentaje se incorporaron a los contingentes de Domingo Arenas, pero ello no provocó cambios sustanciales en la región, sino hasta los años treintas, cuando el Partido Socialista de Tlaxcala promovió la formación de cooperativas de consumo y de producción entre los peones acasillados de las haciendas de Atlangatepec. Estas, ante el empuje del profundo proceso de la reforma agraria, buscan la protección legal, obteniendo certificados de inafectabilidad ganadera en 1947, cuyo efecto caducaría en 1969. Por ejemplo, la familia Rodríguez Arroyo había dividido la hacienda de Altangatepec en cinco fracciones entre familiares, con el deliberado propósito de evadir el reparto agrario, pues siempre funcionó como una unidad de producción.
Sin embargo en 1963, siendo gobernador de Tlaxcala el Lic. Anselmo Cervantes Hernández, el Presidente de la República, Lic. Adolfo López Mateos, declara el 5 de noviembre, que los certificados de inafectabilidad ganadera en Tlaxcala quedan derogados definitivamente, firmando los decretos respectivos.
Actualmente conviven en la región diferentes formas de propiedad agraria garantizadas en la Constitución de los Estados Unidos Mexicanos, destinadas a la producción agropecuaria de alto rendimiento, con la finalidad de acceder a nuevos satisfactores de bienestar social.